秦淮东河一期工程西起秦淮河干流的七桥瓮，东至九乡河入江口，包括运粮河、新开河和九乡河。先行贯通上游运粮河-中游新开河-下游九乡河线路。其中运粮河8.8km、新开河9.45km、九乡河12.4km，合计线路总长约30.65km（含青龙山西村隧洞3.1km）。

运粮河、九乡河既有河道沿现有河道及规划河口线进行布置，河道走向不做调整；新开河道，自京沪高铁上坝河桥东侧约60米开始，往东拓浚现有上坝河约0.8公里，穿过绕越高速上坝河桥后，向北平行绕越高速方向平地开河长约3.6公里至青西村（部队靶场南面）；为避开部队靶场，新开河不再继续北上而是沿部队靶场南侧绕道向东1.4km后，再向北穿越青龙山余脉和宁杭公路、沪宁高速后至九乡河。

据悉，开挖秦淮东河的意义不仅在于解决南京现有河道行洪能力不足，缓解南京主城和仙林、东山副城的防洪压力，还能直接将秦淮河流域总体防汛能力提升至50年一遇的标准。同时，还能促进主城东南地区黑臭河道、断头河的治理，贯通水系，形成一条清水廊道。